Diversos métodos geofísicos son aplicables durante cada etapa, pudiendo hacerlo de forma terrestre o aérea, incluso empleando vehículos aerotransportados no tripulados, conocidos como UAV por sus siglas en inglés (Unmanned Air Vehicles). En esencia, los principios físicos que rigen los métodos geofísicos no varían de acuerdo a si se realizan en tierra o aerotransportados, sino que las diferencias radican en su forma de aplicación. Existen metodologías mas fáciles de aplicar a través de UAV’s, como por ejemplo la magnetometría y la radiometría dada la portabilidad de los sistemas de adquisición de datos, y otras que requieren vehículos aerotransportado más complejos dado el gran tamaño de los equipos, como son los casos de la gravimetría y los métodos electromagnéticos.

La identificación de contrastes en las propiedades físicas del subsuelo son la clave para lograr la delimitación de los cuerpos minerales de interés, y es por esto que de acuerdo al alcance deberán escogerse los métodos geofísicos que puedan ofrecer los mejores resultados. Por ejemplo, entre los métodos geofísicos empleados con mayor efectividad en la búsqueda de pórfidos cupríferos están la magnetometría, y la radiometría. Por otra parte, los métodos electromagnéticos reportan mayor efectividad en búsqueda de yacimientos de Uranio y Níquel.

Dentro de las ventajas en el uso de UAV para la prospección minera, se distingue que cómo un método no invasivos, los datos pueden adquirirse en áreas con topografía accidentada o con cobertura vegetal. Es posible cubrir áreas extensas en relativamente poco tiempo. Los vehículos aerotransportados no tripulados consumen menos combustible por km de vuelo y son mucho más económicos que aquellos que son tripulados. Por lo tanto resulta un método que preserva el medioambiente.